Niepokorne to trylogia opowiadająca o wyjątkowych kobietach, których losy splatają się w scenerii młodopolskiego Krakowa. Eliza, Klara i Judyta spełniają swoje marzenia kosztem wyrzeczeń i trudnych kompromisów, nierzadko płacąc wysoką cenę za szczęście.

Jest jesień 1895 roku. Eliza Pohorecka dotąd uczyła się zawodu w otwockiej aptece, lecz opuszcza Kongresówkę, gdy jako jedna z pierwszych kobiet zostaje przyjęta na Uniwersytet Jagielloński. W cesarsko-królewskim Krakowie, pełnym uprzedzeń i konwenansów, będzie musiała się zmierzyć z niechęcią wykładowców wydziału farmacji, z tragiczną przeszłością rodziny i z zakazanym uczuciem. Eliza na szczęście nie jest sama. Otuchy podczas dokonywania niełatwych wyborów dodaje jej Klara Stojnowska, idealistka i emancypantka. Ona także prowadzi swoją prywatną wojnę — przeciwko konserwatywnemu ojcu, profesorowi krakowskiej uczelni.
Tymczasem Judyta Schraiber, Żydówka z Kazimierza, ucieka z domu — z namiętności do mężczyzny i z miłości do sztuki. Stara się zostać malarką, bierze lekcje u młodego Staszka Wyspiańskiego, na każdym kroku walcząc o swoją niezależność. Nie wie jednak, że już wkrótce będzie musiała bronić czegoś równie cennego: tożsamości.
Choć Eliza, Judyta i Klara z pozoru bardzo się różnią, coś je jednak łączy. Każda z nich jest niepokorna.